ใน ค.ศ. 1869 สมัยของพระสังฆราชแฟร์ดินังด์ โยเซฟ ดือปองด์ ดำรงตำแหน่งประมุขมิสซังสยาม ขณะนั้นบ้านเณรของมิสซังตั้งอยู่ที่บริเวณวัดอัสสัมชัญและมีคุณพ่อฌอง หลุยส์ เวย์ เป็นอธิการ ด้วยเหตุผลถึงความเหมาะสมเรื่องสถานที่และความสงบสำหรับบรรดาเณร จึงได้มีการเลือกเฟ้นสถานที่ตั้งบ้านเณรแห่งใหม่ ซึ่งได้บทสรุปที่ “บางช้่าง” บนที่ดินฝั่งตรงข้ามกับวัดแม่พระบังเกิด บางนกแขวก ตามที่คุณพ่ออัลเฟรด์ พรือดอม ราบาร์แดล เจ้าอาวาสวัดได้เสนอให้ โดยใน ค.ศ. 1871 คุณพ่อราบาร์แดลได้เริ่มทำการสร้างบ้านเณรหลังใหม่ซึ่งคุณพ่อเรอเน แปร์โรซ์ เป็นผู้ออกแบบตัวอาคารมีลักษณะเป็นอาคารไม้ 2 ชั้น

             ใน ค.ศ. 1872 สามเณรของมิสซังได้ย้ายออกจากบ้านเณรที่อัสสัมชัญเพื่อเข้ามาอยู่บ้านเณรแห่งใหม่ที่ “บางช้าง” โดยบ้านเณรแห่งนี้มีชื่อว่า “บ้านเณรพระหฤทัย” พระสังฆราชดือปองด์ได้เสกบ้านเณรแห่งนี้ในวันที่ 1 พฤษภาคม ค.ศ. 1872

              ใน ค.ศ. 1880 พระสังฆราชฌอง หลุยส์ เวย์ ได้ทำพิธีบวชพระสงฆ์ใหม่ที่บ้านเณรแห่งนี้ ผู้รับการบวชคือ “คุณพ่อยอแซฟ พริ้ง” ซึ่งเป็นหลานของสมภาร ปาน (ผู้ก่อตั้งกลุ่มคริสตชนวัดเพลง) โดยพระสังฆราชได้เขียนถึงเหตุการณ์นี้ลงในรายงานมิสซังสยามปี 1880 ว่า

“ข้าพเจ้ามีความยินดีเป็นอย่างมากที่ได้มีโอกาสบวชสงฆ์ใหม่ที่เป็นคนไทย เพราะทั้ง ๆ ที่ความกระตือรือร้นและความมั่นคงของผู้ที่ทำงานมาก่อนเรา ก็ยังไม่มีชาวสยามคนใดก้าวขึ้นมาถึงพระแท่นนี้ในฐานะสงฆ์”

           ใน ค.ศ. 1893 พระสังฆราชฌอง หลุยส์ เวย์ ได้จัดสรรพระสงฆ์ช่วยทำงานในบ้านเณรมากขึ้น เพื่อจะได้พัฒนาคุณภาพชีวิตของสามเณรอย่างรอบด้าน พระสังฆราชได้แต่งตั้ง “คุณพ่อมาริอุส อองรี แบร์นัต” เป็นอธิการบ้านเณร โดยมีคุณพ่อกูอินาร์ด คุณพ่อบูล คุณพ่อแปร์รอสและคุณพ่อมาตราต์ เป็นผู้ช่วยในการสอนและปกครองดูแลสามเณรแต่ละช่วงชั้น

            อาคารบ้านเณรซึ่งสร้างด้วยไม้ในสมัยของคุณพ่อราบาร์แดลเริ่มทรุดโทรมลง และไม่เพียงพอต่อความต้องการ พระสังฆราชฌอง หลุยส์เวย์ จึงสนใจที่จะปรับปรุงบ้านเณรให้ดียิ่งขึ้น คุณพ่อแบร์นัต จึงได้จัดทำแบบแปลนบ้านเณรหลังใหม่นำเสนอต่อพระสังฆราช และได้รับการอนุมัติให้ดำเนินการก่อสร้างได้ อาคารบ้านเณรหลังใหม่มีลักษณะเป็นอาคารก่ออิฐถือปูน 2 ชั้น จำนวน 2 อาคารเชื่อมต่อกัน โดยมีอาคารหลักขนานกับแม่น้ำแม่กลอง

          คุณพ่อแบร์นัต ได้ก่อสร้างจนส่วนแรกของบ้านเณรหลังใหม่นี้สามารถเริ่มใช้งานได้ใน ค.ศ. 1901 และค่อย ๆเป็นรูปเป็นร่างตามแบบที่คุณพ่อตั้งใจไว้ แต่เนื่องด้วยในปีนี้คุณพ่อได้รับหน้าที่ให้ไปเป็นอาจารย์สอนที่บ้านเณรของคณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีส (M.E.P.) ซึ่งเป็นคณะต้นสังกัดของคุณพ่อ ดังนั้นคุณพ่อจึงต้องเดินทางกลับไปยังคณะที่ประเทศฝรั่งเศส พระสังฆราชจึงได้มอบหมายหน้าที่อธิการให้แก่ “คุณพ่อมาตราต์” ซึ่งท่านได้ดำเนินการสร้างบ้านเณรหลังนี้จนสำเร็จ

          เดือนมิถุนายน ค.ศ. 1906 ในวันฉลองพระหฤทัยศักดิ์สิทธิ์องค์อุปถัมภ์บ้านเณร มีการเสกวัดใหม่และอาคารทั้งหมด โดยมีคุณพ่ออาลอยส์ อัลฟองส์ ด็อนต์ เป็นประธาน พิธีที่สง่ามากนี้มีคริสตังมาร่วมพิธีประมาณ 300 คน

           อาคารทั้ง 2 หลังถูกใช้งานเป็นบ้านเณรอย่างแท้จริง กล่าวคือ มีวัดเป็นศูนย์รวมใจของคนทั้งบ้าน มีห้องนอน ห้องเรียน ห้องอาหาร ฯลฯ อย่างครบครัน