ใน ค.ศ. 1927 มิชชันนารีคณะซาเลเซียนได้เดินทางมาถึงวัดบางนกแขวก เพื่อเตรียมเข้ามาดูแลมิสซังใหม่ที่จะแยกจากมิสซังกรุงเทพฯ เนื่องจากสมาชิกของคณะซาเลเซียนที่เข้ามาส่วนใหญ่เป็นสามเณร ฉะนั้นจึงต้องมีการตั้งบ้านเณรของคณะซาเลเซียนขึ้น ทางคณะจึงได้ใช้อาคารเรือนพยาบาลที่คุณพ่อปอล อเล็กซันดอร์ ซัลม็อง ได้สร้างขึ้นเป็นบ้านเณร

           ในวันที่ 30 มิถุนายน ค.ศ. 1930 พระสันตะปาปาปีโอที่ 11 โดยทางสมณกระทรวงเผยแพร่ความเชื่อ ได้ทรงตั้ง มิสซังราชบุรีเป็น มิสซังอิสระ (Mission Sui Iuris of Rajaburi) แยกออกจากมิสซังกรุงเทพฯ มีพื้นที่ปกครองในจังหวัดราชบุรี สมุทรสงคราม กาญจนบุรี เพชรบุรี ลงไปตลอดภาคใต้ทั้งหมด และได้มอบมิสซังใหม่นี้ให้คณะซาเลเซียนดูแลโดยแต่งตั้งคุณพ่อกาเยตาโน ปาซอตตีเป็นผู้ปกครองมิสซังและในปีนี้เองคุณพ่อปาซอตตีได้ตั้งบ้านเณรของมิสซังราชบุรีขึ้นมาต่างหาก โดยได้ซื้อบ้านของสัตบุรุษที่ตั้งอยู่ริมแม่น้ำแม่กลองบริเวณหน้าวัดมาทำเป็นบ้านเณรโดยใช้ชื่อว่า บ้านเณรแม่พระนิรมล (นฤมลทิน) ในปีแรกนี้มีสามเณรทั้งหมด 8 คน

           เนื่องด้วยบ้านเณรพระหฤทัย บางช้างอยู่นอกเขตปกครองของมิสซังกรุงเทพฯ พระสังฆราชมารีย์ โยเซฟ เรอเน แปร์รอสจึงดำริที่จะย้ายบ้านเณรกลับไปตั้งอยู่ในพื้นที่ของมิสซัง ในที่สุดจึงได้เลือกที่จะไปสร้างบ้านเณรใหม่ที่ศรีราชาในวันที่ 24 ธันวาคม ค.ศ. 1934 สามเณรของมิสซังกรุงเทพฯ ได้ออกจากบ้านเณรพระหฤทัย บางช้างเพื่อไปอยู่บ้านเณรใหม่ที่ศรีราชา

          วันที่ 17 พฤษภาคม ค.ศ. 1935 บรรดาเณรซาเลเซียนได้ข้ามฝั่งจากวัดบางนกแขวกมาอยู่ที่บ้านเณรบางช้างแทน และเปลี่ยนชื่อเรียกเป็น “บ้านเณรบางนกแขวก” ไม่เรียกว่าบ้านเณรบางช้างอีกแล้วสามเณรของคณะซาเลเซียนจึงเป็นเณรพวกที่ 2 ที่ได้มาอาศัยและรับการฝึกฝนอบรมที่บ้านเณรแห่งนี้เป็นระยะเวลาประมาณ 6 ปี